대한예수교 장로회 합동동신총회 배태는 대한예수교장로회 (독노회)에 있다.19
48년 5월 평양 산정현교회에서 조직된 독노회에 그 역사적 근거를 두고 있다. 일제 말기 신사참배를 거부하여 투옥되었다가 8.15 해방으로 출옥한 이기선 목사는 그 해 11월 평안북도 선천에서 개최된 평북노회 교역자 퇴수회에서 박형룡 목사와 함께 강사로 집회를 인도하면서..... 
1)교회의 지도자들은 모두 신사에 참배하였으나 권징의 길을 취하여 통회 정화한 후 교역에 나아갈 것,
2)권징은 자착 혹은 자숙의 방법으로 하되 목사는 최소한 2개월간 휴직하고 통회 자복할 것, 
3)목사와 장로의 휴직 중에는 집사나 혹은 평신도가 예배를 인도할 것.
4)교회 재건의 기본원칙을 전한 각 노회 또는 지 교회에 전달하여 일제히 이것을 실행케 할 것.
5)교역자 양성을 위한 신학교를 복구 재건할 것 등을 내용으로 하는 교회 재건원칙을 제시하였다.
이와 같은 제의는 일제 시대 교회에 남아 있던 사람들로부터 강한 반발을 받게 되었다. 그러나 한편으로는 이와 같은 이기선 목사의 재건 원칙을 받아들여서 시행한 노회나 교회도 상당수 있었고 1945년 12월 평양 장대현교회에서 조직된 이북5도 연합노회의 결의문 가운데서도 “전 교회는 신사참배의 죄과를 통회하고 교직자는 2개월간 근신할 것” 이란 조항을 삽입하게 되었다.

이와 같은 재건 원칙이 전국 장로교회에 똑같이 실시되지 못하고 이를 시행한 측과 거부한 측으로 나뉘게 된 것이 교회를 갈라놓은 계기가 되었다. 이와는 별도로 1946년 11월 북한 총선거가 실시된 이후 공산당의 교회 탄압은 더욱 노골화 되었고 많은 교회 지도자들이 검거 투옥되었으며 기독교도 연맹을 앞세워 조직적인 탄압을 가해왔다.
더욱이 이러한 공산당의 술책에 넘어간 많은 교회 지도자들이 기독교 연맹에 가입하고 오히려 교회를 박해하는 입장에 서는 모순된 상황 속에서 지금까지 기성교회 내에서 교회 재건운동을 추진하려고 했던 이기선 목사를 중심으로 한 출옥 성도들은 독자적인 노선을 걷게 되었다. 그리하여 이기선 목사가 제시한 재건원칙을 실행한 교회를 중심으로 1948년 5월 독노회를 조직하였던 것이다. 
그러나 공산당의 압박으로 교회와 지도자들은 큰 수난을 겪을 수밖에 없었고 마침내 6.25 사변으로 이기선 목사가 공산당에 순교하므로 독노회의 전통은 사실상 단절된 것으로 볼 수 있다, 다만 월남한 교인들이 이남에서 산정현 교회를 설립하면서 그 정신적 전통을 계승하려 하였다. 1951년 3월 이일화, 장기려 등에 의해 부산 대청동에 천막교회로 산정현교회를 설립하여 혁신복구파의 정신을 이었으며 이후 서울로 환도하여 1959년 2월 후암동과 회현동에 산정현교회를 설립하였다.
그러나 1967년 까지는 독자적인 교단체제를 이루지 않고 고려파, 통합파, 중립파 등 다른 교단에 소속되어 있으면서 횡적인 유대관계만 맺고 있었다, 그러던 중
 1967년 4월 17일 정대신 목사를 중심으로 후암동 산정현교회에서 대한예수교장로회 독노회를 재조직하며 대한민국 문공부에 등록하였다. 이 때에 정대신 목사가 노회장이 되고 남중현 목사가 서기가 되었으며 김찬길 목사가 산파역을 하였으며 김정덕 목사 등 다수가 회원이 되었다. 
그 후 본 교단은 건전한 보수 계열의 정통 장로교단임과 그 뿌리를 명백히 하면서 계속 발전하고 있다. 이는 이북5도 연합노회 및 기독교도 연맹과 아무 관련 없이 독자적으로 설립운영 되었다는 의미에서 독립 노회(독노회)로 불리게 되었다. 평안북도 및 황해도 등지의 30여 교회가 이제 가담하였는데 평양 산정현교회가 그 대표였다. 이 독노회는 신사참배를 하고 일본 기독교단으로 변절 되었던 한국교회가 신사참배를 가결한 1938년9월9일 27차 총회 이전으로 돌아가야 한다는 전제하에 보다 구체적으로 다음과 같은 혁신 복구안을 제시하였다.

1, 혁신에 관한 내용 
1)혁신기에는 복구위원 약간 명의 대표를 선정하여 회개를 중심으로 한 예배를 인도하게 한다.
2)전 교우는 3일간 금식 기도를 한다. 
3)혁신기간은 6개월 이상이나 이는 대강 표준을 세운 것이요, 그 이상은 형편에 따라 정할 수 있다.

2, 복구 내용
1)교인권 복구 기간은 근신기간이 만료되는 때에 목사의 사회 하에 복구문답으로 일반교인은 장로교의 정당한 교인이 된다.
2)직분복구 ; 목사직은 시무투표로 복구하고 기타 직분은 장로교 헌법에 의하여 투표 선 정하되 증경 장로가 다시 장로로 피선되면 취임만 하면 된다.
3)성경중심
4)불편좌우(여기에서 좌는 재건파 운동을, 우는 이북5도 연합노회를 의미함, -편주-
5)십자가 구원. 

이와 같은 혁신 복구안으로 인해서 세칭 “혁신복구” 로 불리게 되었다. 

그리하여 이북5도 연합노회와 행정적인 면에서 단절하고 독자적인 노선을 걷게 되었다, 그러나 이 독노회의 재건방침은 복구내용 4)항에 보는바와 같이 김인희 중심의 재건교회 운동과 기본입장이 달랐다. 그것은 신사 참배 와의 황거요배(혹은 동방요배), 묵도, 국가배례. 국민서사, 등에 대한 이해의 차이에서 기인된 것이었다.  즉 김인희 를 비롯 박근신, 최덕지, 이광록 등은 신사참배는 죄이지만 기타 행위는 양심문제라 하여 어느 정도 인정하였던 것이다. 이와같은 근본적인 이해 차이는 이미 옥중에서부터 나타나기 시작해 출옥 후에도 그 행동 노선이 뚜렷이 구별되게 된 것이다. 어쨌든 이기선 목사를 중심으로 독노회는 독자적인 행정체제와 신앙을 고수해 나가게 되었다.